বিএনপির কেন্দ্রীয় নির্বাহী কমিটির প্রশিক্ষণবিষয়ক সম্পাদক এ বি এম মোশাররফ হোসেন অভিযোগ করেছেন যে ছাত্রলীগের একটি বড় অংশ বিভিন্ন সংগঠনের নেতৃত্ব দখল করে বৈষম্য সৃষ্টি করছে। তিনি বলেন, বৈষম্যবিরোধী ছাত্রনেতারা সচিবালয়ে গিয়ে প্রশাসনিক পদে বদলি ও পোস্টিং নিয়ন্ত্রণ করছে, যা তাদের দায়িত্বের মধ্যে পড়ে না। এ ধরনের কার্যক্রমকে তিনি \"ফাংশনাল ভূমিকা নয়\" বলে আখ্যা দিয়েছেন। তিনি আরও বলেন, গত ১৫ বছরে জাতীয়তাবাদী ছাত্রদলের নেতাকর্মীদের ক্যাম্পাসে প্রবেশ করতে দেওয়া হয়নি এবং হলগুলোতে থাকার সুযোগও দেওয়া হয়নি। এখন হুট করে ডাকসু নির্বাচনের আয়োজন করে নিরপেক্ষতার দাবি করা হচ্ছে, যা বিশ্বাসযোগ্য নয়। ছাত্রদের নেতৃত্বে যারা রয়েছে, তাদের একাংশ ক্যাম্পাসে ফ্যাসিস্ট আচরণ করছে বলেও অভিযোগ করেন তিনি। তিনি উল্লেখ করেন, জাতীয়তাবাদী ছাত্রদল নির্যাতনের শিকার হলেও তারা সংগঠিত ভূমিকা পালন করছে এবং এখন পর্যন্ত তেমন কোনো বিতর্কিত ঘটনা ঘটায়নি। তবে রাতারাতি কোনো ছাত্র সংগঠনকে সম্পূর্ণরূপে নিরপেক্ষ বা আদর্শিক মনে করা সম্ভব নয় বলে মন্তব্য করেন তিনি। তিনি আরও জানান, ছাত্রদল তাদের সাংগঠনিক কাঠামো এবং আদর্শের ভিত্তিতে পরিচালিত হয়, যেখানে প্রতিটি ইউনিটকে দক্ষতার সঙ্গে ম্যানেজ করতে হয়। ছাত্র সংগঠনগুলোর ভূমিকা এবং তাদের গ্রহণযোগ্যতা নিয়ে সকলকে সতর্ক দৃষ্টিতে বিবেচনা করার আহ্বান জানান তিনি।