গণঅধিকার পরিষদের সাধারণ সম্পাদক হিসেবে দীর্ঘদিন দায়িত্ব পালনের পর ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে বিএনপিতে যোগ দেন রাশেদ খান। ঝিনাইদহ- ৪ (কালীগঞ্জ সদর) আসন থেকে ধানের শীষ প্রতীকে নির্বাচন করেন। তবে নির্বাচনে জিততে পারেননি। এই আসনে জামায়াতে ইসলামীর প্রার্থী মাওলানা আবু তালেব ১ লাখ ৫ হাজার ৯৯৯ ভোট পেয়ে বিজয়ী হয়েছেন। ভোটপ্রাপ্তির দিক থেকে তিনি হয়েছেন তৃতীয়। নির্বাচিত না হওয়ায় নতুন করে আলোচনায় এসেছে—রাশেদ খান কি বিএনপিতেই থাকবেন? নাকি ফিরবেন গণঅধিকার পরিষদে? সঙ্গে আলাপকালে রাশেদ খান বলেন, আমি বিএনপির সঙ্গে রাজনীতি চালিয়ে যেতে চাই। এটিই আমার চূড়ান্ত সিদ্ধান্ত। এসময় তিনি দাবি করেন, গণঅধিকার পরিষদের বর্তমান নেতৃত্বের সঙ্গে তার ব্যক্তিগত সম্পর্ক সুপ্রতিষ্ঠিত রয়েছে। তিনি মনে করেন, বিএনপি ও গণঅধিকার পরিষদের রাজনৈতিক উদ্দেশ্য অনেকাংশে মিলিত। তাই বিএনপির মনোনয়ন নিয়ে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করায় এখন দলের সঙ্গে যুক্ত থেকে রাজনীতি চালিয়ে যাওয়াই তার মূল লক্ষ্য। রাশেদ খান জানান, নির্বাচনের আগে গণঅধিকার পরিষদ ও বিএনপি যৌথভাবে আসন বণ্টন এবং সমঝোতার ভিত্তিতে অংশ নিয়েছিল। গণঅধিকার পরিষদে থাকাকালীন সময়ে ব্যক্তিগতভাবে জাতীয়তাবাদী রাজনৈতিক ধারার পক্ষে কাজ করেছেন তিনি।